干酪乳杆菌群（L. casei group）包括L．casei, L．paracasei,L．rhamnosus 3个种和L．paracasei subsp．tolerans , L．paracasei subsp．paracasei 2个亚种；植物乳杆菌群（L. plantarum group）包括L.paraplantarum、L. pentosus 2个种和L. plantarum subsp.plantarum、L.plantarum subsp. argentoratensis2个亚种。系统发育分析显示：干酪乳杆菌群内各种的16S rRNA基因序列同源性大于98.2％，植物乳杆菌群内各种的16S rRNA基因序列同源性大于99%，均不能有效区分群内各种。

采用苯丙氨酰- tRNA合成酶（pheS）看家基因和16S rRNA基因序列比对、系统发育分析法，对CICC保藏的30株干酪乳杆菌群菌株和25株植物乳杆菌群菌株进行了分析研究，结果发现干酪乳杆菌群内各种的pheS基因序列差异率在6.8％~34％之间，其中L. rhamnosus种内最大差异率可达3％，具有较高的区分率；植物乳杆菌群内各种的pheS基因序列差异率在9.2～17％之间，也能较清晰的区分群内各种。研究证明pheS基因序列可作为干酪和植物乳杆菌群的一个重要分子标记。

因此，对于亲缘关系相近的干酪和植物乳杆菌群内的种，pheS比16S rRNA基因序列具有更高的分辨率，可作为群内菌种快速鉴定的重要手段之一。