针对我国啤酒、酵母、腐乳、酱油、食醋等优势传统食品产业，选择酿酒酵母、异常毕赤酵母、热带假丝酵母、卷曲状毛霉、米曲霉、黑曲霉、紫色红曲菌、谷氨酸棒杆菌、巴氏醋杆菌、科氏梭菌等10种重要生产用菌种，以表型特征、系统发育特征和基因型特征技术为基础，分别开展了10个菌种的分类体系及鉴定评价技术方法的研究。

通过开展10个菌种的分类学体系的研究，明确了我国优势传统食品10个生产常用菌种分类学地位，为澄清菌种名称的误用、同物异名或异物同名提供科学依据。研究初步建立了以核酸序列分析方法（26S rDNA D1/D2区基因片段）为主，结合生理生化特征分析、形态学特征分析以及Biolog自动微生物分析系统的酿酒酵母、热带假丝酵母、异常毕赤酵母菌种的种水平多相鉴定技术方法。初步建立了以菌种的培养特征、显微形态为主要依据，结合核酸序列分析技术（ITS1-5.8S-ITS2区基因片段）、功能基因分析技术和Biolog微生物自动鉴定系统的卷曲状毛霉、米曲霉、黑曲霉、紫色红曲菌的种水平多相鉴定技术方法。初步建立了以核酸序列分析方法（16S rDNA基因片段）为主，结合功能基因分析技术、生理生化特征分析、形态学特征分析以及Biolog自动微生物分析系统的谷氨酸棒杆菌、巴氏醋杆菌、科氏梭菌的种水平多相鉴定技术方法。

该项研究获得了国家 “十一五”科技支撑计划项目“优势传统食品产业菌种鉴定评价技术和安全管理体系”(2007BAK36B06)的资助，目前研究工作进展顺利，已初步制定了“食品生产用酿酒酵母菌种鉴定技术规程”等10个菌种的鉴定评价技术规程标准草稿，规定了食品生产用菌种鉴定及适用范围，术语与定义，菌种的鉴定原则，鉴定流程，操作步骤以及结果的评价等内容，目前标准草稿正在进一步修改完善当中。下一步研究计划将进一步完善菌种鉴定评价技术方法，修改补充菌种鉴定技术规程标准。该项研究成果将为我国优势传统食品产业菌种鉴定评价技术水平的全面提升提供了有力支撑。